Selon un rapport de l'Inspection flamande des Finances, pour vacciner une personne dans les centres de vaccination, la région flamande débourse 52,53 euros et la région bruxelloise 54,41 euros tandis que la Wallonie met, elle, 71,67 euros. Cette différence atteint des sommets dans le cadre de la vaccination dans des institutions publiques (centres de soins résidentiels, institutions pour personnes handicapées). La Wallonie y paye plus du double de la Flandre pour vacciner, avec un montant de 22,42 euros contre 9,66 euros (et 13,71 euros à Bruxelles).

Selon Het Nieuwsblad, l'inspection financière explique cette différence par la rémunération, plus élevée en Wallonie et en Région bruxelloise, du personnel soignant en charge de l'administration de vaccin.

Selon De Standaard, l'inspection souligne qu'il est très compliqué de comparer ces coûts entre eux en raison des différents modes de financements.

Actuellement, il est prévu que le Fédéral prenne en charge 80% des coûts de la vaccination, les 20% restants devant être assumés par les entités fédérées. Au vu de la menace de surcoûts en Wallonie et à Bruxelles, le député N-VA Lorin Parys a tiré la sonnette d'alarme au parlement flamand. Cette répartition doit faire l'objet de nouvelles discussions cette semaine de la part des ministres de la Santé.