Après 168 kilomètres entre Castrojeriz et Villadiego, le Colombien a devancé le Français Arnaud Démare (Groupama-FDJ) et l'Irlandais Sam Bennett (Deceuninck-Quick Step). Jasper Stuyven (Trek-Segafredo) a terminé 6e, Edward Theuns (Trek-Segafredo) 8e.

Cinq hommes ont rapidement pris la fuite. Le groupe, composé des Espagnols Joel Nicolau (Caja Rural), Angel Fuentes (Burgos) et Francisco Galvan (Kern Pharma) ainsi que des Italiens Alessandro Fedeli (Nippo Delko) et Riccardo Verza (Kometa), comptait encore 4:30 d'avance sur le peloton à 90 km de la ligne. Mais le peloton, riche de quatorze formations WorldTour, est progressivement revenu sur les fuyards. La jonction s'est opérée à une quinzaine de kilomètres de la ligne, laissant place au sprint final. Agile et plus véloce que ses concurrents dans un final marqué par un dernier virage compliqué à négocier, Gaviria a remporté la 44e victoire de sa carrière, la première sur les routes du Tour de Burgos. Plus tôt cette saison, Gaviria avait remporté 3 étapes au Tour des Émirats arabes unis avant de rester près d'un mois à l'hôpital en raison du coronavirus. Ce succès était loin d'être garanti le matin pour le Team Emirates, dont trois coureurs colombiens n'ont pas pris le départ de cette 2e étape par précaution sanitaire. Les trois compatriotes de Gaviria ont été placés à l'isolement après un "contact" avec une personne testée positive au Covid-19, a annoncé leur formation. Vainqueur en costaud de la première étape mardi, l'Autrichien Felix Grossschartner (BORA-hansgrohe) a conservé son maillot violet de leader au général. Il compte 8 secondes d'avance sur l'Espagnol Jon Aberasturi (Caja Rural). Stuyven est 4e (+0:08).

Jeudi, la 3e étape, longue de 150 km, semble promise à un grimpeur. En effet, la victoire se disputera au sommet du Picon Blanco, une ascension de 8,5 km à 8,9% de moyenne. Le Tour de Brugos, dont le Colombien Ivan Sosa (Ineos) est le double tenant du titre, s'achève samedi à l'issue de la 5e étape jugée au sommet de la Lagunas de Neila, un col classé hors catégorie (4,2km à 11% de pente en moyenne). La première course WorldTour est programmée ce même jour, 1er août, à l'occasion des Strade Bianche autour de Sienne en Italie.