Tim Wellens (Lotto Soudal) a été très actif dès le début de l'étape. Le coureur de Lotto Soudal était en effet parti en poursuite, en compagnie de le Néerlandais Julius Van den Berg (Education First) et l'Espagnol Julen Amezqueta (Caja Rural-Seguros RGA), du premier attaquant du jour, le Colombien Juan Felipe Osorio (Burgos-BH), parti au 16e kilomètre et rejoint quelques kilomètres plus loin.

Wellens déposait ses compagnons d'aventure à la fin de la première ascension, le Puerto de Guirguillano (3e catégorie)

Wellens était rejoint au km 40 par l'Espagnol Alex Aranburu (Astana) et les Français Bruno Armirail (Groupama-FDJ) et Jonathan Hivert (Total-Direct Energie). L'Espagnol Gonzalo Serrano (Caja Rural-Seguros RGA) rejoignait ensuite ce groupe de tête.

A nouveau, Wellens attaquait à la fin de l'ascension, le Puerto de Urbasa. Il parvenait à compter 1:35 d'avance avant de voir ses poursuivants revenir sur lui à 37 km de l'arrivée. Derrière, à l'initiative des Movistar, le peloton éclatait.

Alors que le premier peloton se rapprochait des échappés, Amirail jouait son va-tout, mais il était repris sur l'ascension de l'Alto de San Miguel (1re catégorie, 16.9 km à 7,9 pour-cent). Là, le champion d'Espagne Luis Leon Sanchez tentait sa chance à 23 km de l'arrivée. Il était repris 4 kilomètres plus loin par le groupe des favoris, fort d'une dizaine d'unités. L'Espagnol Marc Soler (Movistar) s'isolait en tête dans la descente. Il prenait 20 secondes d'avance.

Soler tenait bon jusqu'à l'arrivée pour s'offrir à 26 ans la quatrième victoire de sa carrière, la deuxième de la saison après Pollença-Andratx.

Vainqueur mardi de la première étape, le Slovène Primoz Roglic (Jumbo-Visma) prenait la deuxième place au sprint, à 19 secondes, confortant son maillot rouge grâce aux bonifications. L'Irlandais Dan Martin (Israel Start-Up Nation). Venaient ensuite d'autres candidats à la victoire: l'Equatorien Richard Carapaz (Inoes), quatrième devant les Espagnols de Movistar Alejandro Valverde et Enric Mas.

Au général, Roglic compte désormais 9 secondes d'avance sur Martin et 11 sur Carapaz.

Jeudi, la 3e étape se disputera entre Lodosa et La Laguna Negra-Vinuesa (166 km) et proposera à nouveau un parcours accidenté.